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馬普所Nat. Chem.:“甜蜜的糖”如何催化化學(xué)反應(yīng)?

來源:德國馬普所      2025-03-05
導(dǎo)讀:近日,德國馬普所的劉凱萌和Martina Delbianco在《自然·化學(xué)》(Nature Chemistry )上發(fā)文,設(shè)計了一個可折疊的聚糖分子,能夠在水中催化化學(xué)反應(yīng)。這個糖催化劑由一個識別位點(識別含有芳香環(huán)的化合物),以及一個催化位點組成,具有結(jié)構(gòu)剛性,可被模式化調(diào)諧的特點。這樣的設(shè)計能夠使得該分子在水相中修飾色氨酸以及含有色氨酸的多肽,表明了第三大類生物分子——糖分子在化學(xué)生物學(xué)中的重要的應(yīng)用前景。

正文

在自然界里,催化是和蛋白質(zhì)和部分RNA直接相關(guān)的。化學(xué)家們從中汲取靈感,創(chuàng)造了以合成肽等分子為基礎(chǔ)的催化劑?;诜枪矁r鍵的作用,這些骨架可被編輯的分子具有一個穩(wěn)定的三維構(gòu)象。它們由兩個關(guān)鍵的部分組成:1)一個鍵合位點,用于和一個化學(xué)反應(yīng)底物或化學(xué)反應(yīng)中間體相互作用;2)一個催化位點, 用于催化反應(yīng)?;瘜W(xué)家們將這兩個位點組裝在一起,形成空間上相互靠近的關(guān)系。這樣的設(shè)計能夠使這些催化劑提高化學(xué)反應(yīng)的立體選擇性或者位點選擇性,亦或是加速這個反應(yīng)。作者將這樣的設(shè)計擴展到第三大類生物分子——糖分子上。

自然界中存在的單糖種類超過了一百種,這遠多于組成蛋白質(zhì)的二十種天然氨基酸。糖上含有的多個指向不同的方向的羥基,除了提供了豐富的手性環(huán)境,還能夠進一步被化學(xué)修飾。不僅如此,在氫鍵和疏水性的協(xié)同作用下,糖還可以與其他分子形成多種相互作用。這樣看來,糖分子具有其內(nèi)在的優(yōu)勢來實現(xiàn)催化的功能。試想,設(shè)計一個以糖分子為骨架的催化劑,不僅能夠推動糖合成以及糖構(gòu)象分析的邊界,同時還會增進人們對糖和其他分子相互作用的理解。

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圖1. 課題設(shè)計: a. 在自然界,糖和蛋白質(zhì)的識別有賴于“碳氫鍵-π”相互作用;b. 天然結(jié)構(gòu)唾液酸化的路易斯抗原X; c. 糖催化劑的設(shè)計圖片來源:Nature chemistry

在設(shè)計上,作者從大自然中尋找靈感,首先是尋找關(guān)于糖的相互作用。在糖和蛋白相互作用的區(qū)域,經(jīng)常會發(fā)現(xiàn)一些含有芳香環(huán)的結(jié)構(gòu)。在一種被稱作“碳氫鍵-π”的弱相互作用下,富電子的芳香環(huán)能夠與糖上缺電子的碳氫鍵相互吸引,這是糖和蛋白識別的重要分子學(xué)基礎(chǔ) (圖1a)。作者設(shè)計將這種相互作用引入到糖分子催化劑上,用來吸引芳香環(huán)化合物,進而使得被招募而來的芳香環(huán)在空間上靠近催化位點。在催化劑骨架的設(shè)計上,作者以天然的糖結(jié)構(gòu)——唾液酸化的路易斯抗原X為設(shè)計藍圖(圖1b)。這個天然聚糖在結(jié)構(gòu)上有兩個特點:1)擁有一個向外延伸出去的唾液酸“臂膀”;2)一種非傳統(tǒng)的氫鍵作用維持了它三維結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性。在此基礎(chǔ)上,作者主要做了兩點調(diào)整 (圖1c):1)將唾液酸臂膀替換成β半乳糖臂膀,因為β半乳糖的多數(shù)缺電子碳氫鍵指向同一個面,特別適合和芳香環(huán)形成“碳氫鍵-π”的相互作用;2)在不破壞構(gòu)象穩(wěn)定性的情況下,將其中的巖藻糖換成鼠李糖。這樣一來,C-4位置的羥基朝向會更加靠近相互作用位點,能夠更加方便地安裝一個催化位點,進而能夠催化一個化學(xué)反應(yīng)。

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圖2. 該糖分子催化色氨酸的化學(xué)反應(yīng)圖片來源:Nature chemistry

作者首先探究了糖骨架的構(gòu)象。結(jié)果顯示被設(shè)計的骨架結(jié)構(gòu)剛性,而且被設(shè)計用來形成“碳氫鍵-π”相互作用的β半乳糖朝向和作者的預(yù)期一致,指向內(nèi)部。接下來作者測試了糖骨架與色氨酸形成“碳氫鍵-π”相互作用的能力。結(jié)果表明,該相互作用主要集中在β半乳糖上。在這些結(jié)果的基礎(chǔ)上,作者在糖骨架上安裝了一系列不同的路易斯酸催化位點,得到一系列催化劑,用來催化色氨酸的Pictet-Spengler反應(yīng)。作者發(fā)現(xiàn)能夠形成較強的“碳氫鍵-π”相互作用的4mer-IV的催化效果最好,這表明“碳氫鍵-π”相互作用和催化能力的相關(guān)性。為了進一步驗證這個結(jié)論, 作者合成了4mer-IV的兩個同系物:一個是沒有β半乳糖相互作用位點的3mer, 另一個具有葡萄糖相互作用位點的(形成的“碳氫鍵-π”相互作用較弱)4mer-V。相比于4mer-IV,這兩個同系物的催化效果較差。這進一步揭示了“碳氫鍵-π”相互作用在催化過程中的重要性。


總結(jié)

作者設(shè)計了一個折疊的聚糖,在“碳氫鍵-π”相互作用下能夠識別含有芳香環(huán)的化合物,在水相的環(huán)境中可以催化Pictet-Spengler反應(yīng)用來修飾色氨酸以及含有色氨酸的多肽。這些發(fā)現(xiàn)表明了糖分子在被設(shè)計成催化劑上的巨大潛力,為化學(xué)生物的研究提供了新的工具。此外,這些結(jié)果暗示,在自然界里,糖分子是否也具有像蛋白酶一樣的催化功能而被忽略了,這會打開糖科學(xué)以及生物學(xué)新的研究視角。


作者信息

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本文第一作者劉凱萌,2016年于中國農(nóng)業(yè)大學(xué)獲得學(xué)士學(xué)位,2021年于北京大學(xué)獲得博士學(xué)位,師從葉新山教授。2022年至今在德國馬普所膠體與界面研究所Peter H. Seeberger教授的部門Martina Delbianco小組從事博士后研究。目前已以第一作者的身份在Nat.Chem.、Angew. Chem. Int. Ed. 等知名國際期刊上發(fā)表多篇論文,研究方向為通過糖和其他分子的互作機制,來解鎖糖的催化功能。

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本文通訊作者Martina Delbianco博士,糖科學(xué)領(lǐng)域的新星,目前已在德國柏林自由大學(xué),馬普所獲得終身教職,以第一作者或通訊作者的身份在Nature、 Nat.Chem.J. Am. Chem. Soc.、Angew. Chem. Int. Ed. 等知名國際期刊上發(fā)表多篇論文, 研究方向為糖的結(jié)構(gòu)和功能的關(guān)系,包含了糖的折疊以及糖的自組裝研究。

文獻詳情:

A glycan foldamer that uses carbohydrate–aromatic interactions to perform catalysis 

Kaimeng Liu & Martina Delbianco* 

Nat. Chem. 2025

https://doi.org/10.1038/s41557-025-01763-6

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